東京生まれ。桐朋学園大学附属「子供のための音楽教室」を経て、桐朋学園大学附属高校ピアノ科卒業。ピアノを寺西昭子、チェンバロを鍋島元子の各氏に師事。高校在学中にチェンバロと出会い1983年より通奏低音奏者としての活動を開始。
　 1986年ブルージュ国際チェンバロ・コンクールに入賞。その後、渡欧を重ねて同コンクールの審査員であった故スコット・ロスに指導を受け、1990年より正式にパリに拠点を移す。故スコット・ロスの夭逝後、エラート・レーベル(フランス)の名プロデューサー　ミシェル・ガンサルにスコット・ロスの遺志を継ぐ奏者と認められ、1991年にはエラート・レーベル初の日本人アーティストとしてCDデビューを果たす。
　 1992年以降、イスラエル室内オーケストラの専属チェンバロ奏者としての演奏旅行、フランスおよびイタリア等ヨーロッパのフェスティバル参加、東京でのソロ・デビュー・リサイタルを行うなど国際的に活躍している。また、サンチャゴ・サンペレ(現代舞踊家)とのコラボレーションをパリと東京で開催し、その意欲的内容が好評を博した。2006年にはラジオ・フランス（フランス国営放送）で３時間に及ぶ曽根の特集が組まれた。日本国内でもリサイタル、室内楽と積極的に活動し、2003年10月からは東京・浜離宮朝日ホールにて、６年計１２回にわたるJ.S.バッハ連続演奏会をスタートさせるなど、その活動は常に注目を集めている。さらに、音楽活動とともにテレビ、ラジオへの出演、雑誌「DIME」でのエッセイ連載、「いきなりパリジェンヌ」(小学館刊)の刊行など多才ぶりを見せている。
　 録音活動も活発に行い、デビューCD｢J.S.バッハ:イギリス組曲｣リリース以後、「J.S.バッハ:ゴルトベルク変奏曲」、「情熱のファンダンゴ」、「シネマ・チェンバロ」、「ジュ・レーム」、「J.S.バッハ:フランス組曲」、「J.S.バッハ:トッカータ」、「ラティーナ」、「シャコンヌ」と定期的にCDをリリースし続けている。とりわけ、「情熱のファンダンゴ」は、故スコット・ロスの偉業「スカルラッティ:ソナタ大全集」の遺志を継ぐ追加録音として大きな話題を集めた。
　 現在2003年よりスタートしたJ.S.バッハ連続演奏会と並行し、同演奏会のライブ録音も行なっており、これまでに「イギリス組曲」、「フランス組曲」、「平均律クラヴィーア曲集第1巻」の各全曲盤と「イタリア協奏曲、フランス風序曲」をリリースしている。
　 曽根麻矢子は、今や実力、人気ともに国際的なチェンバロ奏者として高く評価されている。1996年「第6回出光音楽賞」をチェンバロ奏者として初めて受賞。1997年飛騨古川音楽大賞奨励賞を受賞。