9歳よりギターを始め、父・荘村正人及び後に小原安正に師事した。1963年に来日した巨匠ナルシソ・イエペスの歓迎演奏会で氏に認められ、翌年にはスペインに渡りイエペスに師事した。また、同時期にスペインに滞在していた岩崎洋にも音楽理論を学ぶ。67年イタリア各地で18回、翌68年にはミラノなど22都市でリサイタルを行ない、各地で好評を博し、帰国した。69年の日本デビュー・リサイタルで、「テクニック、音楽性ともに第一人者」との高い評価を得た。71年にはイタリアで開かれた世界青少年協会国際フェスティヴァルに日本代表ギタリストとして参加し、この成功により北米各都市で28回にのぼる公演を開き、国際的評価を不動のものにした。
　 74年にはNHK教育テレビ「ギターを弾こう」に講師として出演し、一躍全国にその名と実力が知られることになった。77年と80年に再びスペインに渡り、イエペスのもとでさらに研鑚を積み、ヨーロッパ各地でコンサート活動を行なった。以後、リサイタル公演、日本の主要オーケストラへのソリストとしての客演は数多く、また、ソロ活動のほか、フルート、ピアノ、ヴァイオリン、チェロや声楽との共演にも積極的に取り組み、ギターの魅力をさまざまな形で人々に伝えている。
　 99年秋、ベルギーからマルク・グローウェルス（フルート）をゲストに迎え、各地でリサイタル「荘村清志　ピアソラを弾く」を開催、2001年秋には再度グローウェルスとともに、インマ・ゴンザレス（カスタネット）を迎えて全国ツアーを行なった。2004年6月には岸田今日子とのコラボレーションにより、カステルヌオーヴォ=テデスコの「プラテーロとわたし」をメインにした企画《ギターと朗読の庭》でツアーを行い、好評を博した。
　 日本人作曲家にも多数作品を委嘱、初演を行ない、現代ギター作品も意欲的に取り上げている。とくに武満徹には74年に「フォリオス」、93年に「エキノクス」（初演94年）を委嘱し、ギタリストにとって重要なレパートリーの一つとなっている。「ギターのための12の歌」は荘村清志のために編曲され77年に初演・録音、「森のなかで」を96年全曲初演している。99年9月、サイトウ・キネン・フェスティバル松本に招かれ、「武満　徹メモリアルコンサートIV」で「エキノクス」を演奏している。
　 レコーディング活動も積極的に行ない、EMIミュージック・ジャパンより数々のCDを発売している。2002年10月にはギターの名曲を、改めて録音したアルバム《荘村清志2002　アルハンブラの想い出》をリリース、好評を得ている。
　 2005年秋、楽壇生活35周年を記念して、アコーディオンのシュテファン･フッソングをゲストに迎え、猿谷紀郎の委嘱新曲と新アレンジを含むCDアルバム《郷愁のショーロ》をリリース、これに併せて東京・大阪などで公演を行なった。2007年7月には最新ベスト版《愛のロマンス》を発売。
　 2007年6月〜8月期にNHK教育テレビ「趣味悠々」のギター講師として再登場し、改めて日本ギター界の第一人者として全国にその名をとどろかせた。
　 2008年秋にはミラノ弦楽合奏団との共演が予定されている。

【主要CD】（東芝EMI）
《愛のロマンス》TOCE-55939･40
《郷愁のショーロ》TOCE-55771
《荘村清志２００２　アルハンブラの想い出》TOCE-55466
《天使のミロンガ》TOCE-55076
《「森のなかで」荘村清志／武満 徹へのオマージュ》TOCE-9463
《タルレガ：グラン・ホタ／武満 徹：エキノクス》TOCE-8369
《カタロニア郷愁〜鳥の歌》TOCE-7724