１９９１年から１９９４年にかけてザールラント州立劇場の音楽監督を務め、１９９３年にはウィーン国立歌劇場にデビュー、「トスカ」で圧倒的な成功を収める。その後同歌劇場の常連となり、「蝶々夫人」「マノン・レスコー」「ラ・ボエーム」「トゥーランドット」「パルジファル」「ラインの黄金」「ワルキューレ」「ばらの騎士」「ナクソス島のアリアドネ」などを指揮している。１９９４年から２０００年にはマンハイム州立劇場音楽監督および芸術監督を務め、１９９６年にはコヴェントガーデン王立歌劇場で「神々のたそがれ」を指揮してロンドン・デビュー、１９９９年には「イル・トロヴァトーレ」を指揮してメトロポリタン・オペラへデビューするなど、次々にオペラ指揮者としてのキャリアを築いてきた。近年ではウィーン国立歌劇場で「カルメン」「ジークフリート」、ドレスデン州立歌劇場で「さまよえるオランダ人」、そして彼と最も緊密な関係にあるバイエルン州立歌劇場では「アイーダ」「ピーター・グライムズ」「フィガロの結婚」「ワルキューレ」「タンホイザー」「スペードの女王」などを指揮している。そのほか、ベルリン・ドイツ・オペラにも頻繁に客演している。

　コンサートでは、ハンブルク北ドイツ放送響、ミュンヘン・フィル、バイエルン州立管、ケルン放送響、パリ管、フランス国立放送フィルなどヨーロッパの主要オーケストラに定期的に客演、北米でもボストン響、シカゴ響、ダラス響、ボルティモア響、ミネソタ管、モントリオール響、セントルイス響などを指揮している。
　 ２００５年９月フランスのリヨン国立管弦楽団の音楽監督に就任。充実した活動を続け、２００７年の日本公演をはじめ、各国へのツアーやレコーディングに取り組んでいる。
　 また２００７／０８シーズンにはライプツィヒ放送交響楽団（ＭＤＲ交響楽団）の首席指揮者・芸術監督にも就任し、今後の活躍がますます期待される。

　日本には１９９７年にNHK響を指揮してデビュー、その後も定期的に客演を続け、数枚のCDもリリースしている。２０００年にはウィーン国立歌劇場とともに来日し、「メリー・ウィドウ」を指揮。特に２００１年から４年がかりで上演された、新国立劇場でのワーグナー「ニーベルングの指環」チクルス（通称：トーキョー・リング）の圧倒的な成功は、準・メルクルの名を日本の音楽界に強く印象づけることとなった。その他にも、パシフィック・ミュージック・フェスティバル(PMF)への参加、水戸室内管弦楽団との共演など、日本での活躍もめざましい。

　レコーディングは、ベルリン・ドイツ交響楽団（カプリッチョ）、イギリス室内管（EMI）、NHK響（Altus）など、モーツァルト、ワーグナー、プッチーニ、20世紀初頭のフランスの作曲家のレパートリーなどを録音しているが、また、同時代の音楽の演奏、新作オペラの上演などにも力を注いでいる。